Selon la légende, cette île aurait servi au 9e siècle de base pour les Vikings remontant et pillant la Loire. Au 12e siècle, elle aurait accueilli des moines, abrité un oratoire, et aurait servi de refuge pour les personnes malades arrivants dans l’estuaire. Au début du 19e siècle, l’île Saint-Nicolas est retenue pour la construction d’un lazaret (établissement de quarantaine). Le projet est finalement abandonné pour être transféré sur Mindin.

L’île Saint-Nicolas, propriété privée, est aujourd’hui en cours de rattachement au rivage par l’envasement de la partie sud de la Loire. Elle est visible depuis le chemin piétonnier des bords de Loire. Elle n’est aujourd’hui plus une île à marée basse.